Если документ не содержит специальных объектов, создавать и управлять которыми можно только с помощью плагина (как, например, объекты Smart Layout), то пусть себе вякает, это ни на что не влияет. В окошке, в котором эта ругань идёт, есть флажок, установив который можно удалить из документа информацию об отсутвующих плагинах, а можно и не удалять.