Физически: Рисуешь контур обреза, перемещаешь на самый верх, выделение не снимаешь, а затем - Object>Path>Divide Objects Below. Всё что ниже контура по нему и обрежется. Ungroup, и удаляй лишнее.
Фактически: Рисуешь контур обреза, Object>Crop Marcs>Make. При импорте EPS файла в Кварк, файл выравнивается в блоке по меткам обреза.