с версий 4.6.7 был у меня забавный глюк при работе с премьером 6.0х - наблюдались два перехода и два фильтра с одинаковым названием. реально работал только один экземпляр. второй исчезал с таймлайна после сохранения\загрузки.
Лечение: убиваем файл .prf в корне премьера.