Нет ниакаой необходимсоти гнать через PDF. Надо разбираться с настройками CMS и Transparancy Flattener-а.
Обо всём написано в Help-е, а чего там нет, то много раз описывалось в форуме и по сслыкам, которые можно найти в форуме по этим ключевым словам.