Здравствуйте, подобную задачу, я бы решил с помощью Photoshop, он даёт больше контроля над частями изображения. Обозначьте края области UV-развёртки, на которые ложатся части текстуры, перейдите в Photoshop, наложите "номера" на заранее обозначенные участки UV, а затем можно просто экспортировать текстуру полученную с помощью Photoshop, в Painter, и с помощью Fill layer наложить на модель.
Так же, я бы посоветовал отделить в разные UV-острова те участки UV, на которые необходимо наложить отдельные изображения, выровнять их, привести к квадратичному виду, (либо не приводить, что-бы не искажать текстуры, но тогда внимательно следите за краями текстуры, что находятся у зауженной части UV-островка) выставить в линию, и тогда проблем с текстурированием будет гораздо меньше. (Можно отделить весь луп).
Провести необходимые манипуляции с UV вы можете в Maya, или отдельной программе - RizomUV, последняя, на мой взгляд, гораздо удобнее, и позволит сделать необходимое за пару кликов.