Что это за команда "extrude the selection component"? По-моему, существует просто Extrude. Как при этой команде может происходит дублирование?) Давай, чтобы ну путаться все будем называть четко.
Я так понял, что при экструде нескольких граней соседние ребра не объединяются? Если так, то поставь галку на Edit Mesh -> Keep Faces Together. Потом совсем не обязательно выделять все нужные точки, если тебе нужно объединить все близко стоящие вершины. Просто примени на весь объект Merge и отрегулируй параметр Distance. Так я думаю