Да, если одни объекты в сцене перекрывают другие, двигаясь при этом в разных направлениях, их, однозначно, нужно рендерить отдельными слоями.
Если объекты перекрывают друг друга и имеют значительную разницу по расстоянию от камеры, их тоже лучше считать отдельными слоями для более качественного дефокуса. Иначе проблемы на контурах неизбежны.