> Как настроить за какие полигоны отвечает этот Line?
Для начала отредактировать envelopes, которые захватывают вершины сетки в свою зону влияния. Именно вершины, не полигоны. Затем вручную назначить веса в проблемных зонах или раскрасить их инструментом Paint Weights. Можно также использовать таблицу весов.
Если обычной развески будет недостаточно для такой деформации, какую ты хочешь, нужно пользоваться gizmos. Хотя я не представляю, как они будут работать со сплайновой "костью". Кстати, зачем ты делал кость из сплайна?
Для обратной связи анимируй какое-нибудь движение и смотри на свою развеску в движении, редактируя её на лету.