Лично я использую Layers для группирования объектов по Типу - локаторы, меш, NURBS, иногда кости, деформеры и т.д. Есть у них один недостаток - объект может принадлежать только одному Layer-у.
Проблема очень удачно решается Set-ами. Хорошо помогают как при Hide-UnHide наборов объектов в сцене так и при их быстрой селектации без выискивания по большому дереву сцены.
А что скрывать что не скрывать в сцене - зависит от типа работы и собственных предпочтений workflow.