А что за потребность такая ?
Если хочется ставить ключи только отдельным обьектам, то их выделяют и делают из них Named Selection Set.
А внизу, справа от AutoKey, вместо Selected, выбирают название этого Set-а (набора).
Тогда ключи будут ставиться только для него. Наборов можно наделать много.
--------------------
А по отдельным контроллерам...можно жать ПКМ на бигунке анимации, и там, в окне, снимать/ ставить галки на перемещение, ротацию, скейлинг.