Можно или изначально снимать на хромакей (синяя (или зелёная)тряпка очень грубо говоря - в идеале R-0 ; G-0 ; B-255 если синий, но это уже выебон) Хромакей тебе наверное недоступен. ...=)
Т тогда в "Козе" (Афтр Еффктс) ты можешь то что тебе нужно убрать или оставить масками (маску можно инвертировать) ---в окне, где разные стрелочки и прочее есть инструмент, для рисования патчей --- ты два раза кликаешь на слой, на котором нужно что-то "убрать", вылезает окно изображающее только этот слой, на нём ты патчами обрисовываешь нужный контур, ставишь ключ (у каждого слоя есть закладка masks), и так далее во всех нужных местах ставишь ключи и меняешь контур маски (если конечно нужно, чтобы маска была анимированная). Естественно патчи нужно замкнуть - иначе не получится маска.
Может немного коряво написал, но такие вещи лично мне трудно на словах описывать. Короче покопайся - поройся - всё поймешь.
Удачи.