Не совсем понятный вопрос.
Если нужно переместить все связанные файлы в одну папку, не переназначая линков вручную, то есть команда File -> Package для создания отдельной папки, где автоматически помещается копия публикации и вложенная папка Links с копиями всех связанных файлов (в этой папке по умолчанию ищутся все отсутствующие линкованные файлы).