омг... Вот ты сделал файл с вотермаркой - так? В каждом слое всякие вдвливания, блики, прочая мура. Допустим, первый слой по умолчанию - бэкграунд. Если его разблокировать и удалить - фон будет просто прозрачным. А на этом прозрачном фоне будет вся эта балалайка со всякими эффектами. И вот этот документ ты сохраняешь через save for web and devices> save as PNG-24, transparency - on. Все, он по умолчанию все слои соберет в один, но прозрачность самого документа сохранит. Главное, что-бы все слои были чистые, без всякого лишнего мусора.