Эти коробочки делаются по граням в AI, потом отдаются туда, где их печатают. Там уже делают крой, налепляют твои EPS'ы в нужные места. Иногда говорят, что и где нужно переделать или исправить.
Для этого спец. программулины существуют ( http://www.eskizspb.ru/news/article/design8.html ). Типа ArtPRO ( http://www.terem.ru/catalog.asp?CatID=43&Cat1ID=132&sid=192&typ=1 ). Но в ней, опять же, упаковку целиком не рисуют.
Если есть готовый крой, можешь нарисовать в AI всю коробку — даже спецю плугин к нему есть, чтобы посмотреть то, что получится в 3D и с анимацией. Этот plug-in пару месяцев назад упоминался на этом форуме. Но не факт, что коробка в итоге получится такой, какой и задумывалась.