Сама картинка неизменна (что для пассивной технологии, что для активной). Это как, например, 3д фильм на Блю-Рэй: диск один и тот же, картинка одна и та же, но она может выводиться на любой телевизор. Разница только в очках. Т.е. исходник всегда один и тот же и над этим особо задумываться не стоит.
Наверное, для любой программы для создания 3д уже давно есть плагины или скрипты для преобразования визуализаций в сетероформат. Просто поищите в Гугле
Для Blender давно есть скрипт:
http://www.noeol.de/s3d/
Кстати, там в статье есть наглядное отображение положения камер. Они различаются, правда сам не знаю, почему.