Делать это надобно модификатором Slice или конвертнуть модель до Editable Poly(начиная с версии 4), тогда можешь резать прямо с помощью операции Cut - лишних вертексов не будет. На худой конец, если не хочешь раздувать стек множеством "Слайсов" и колапсить модель, сплавляй вертексы (weld selected,weld terget).
А если не планируешь подразделять поверхность мешсмусом или HSDSсом, то ваще режь без зазрений совести.