1. Если руками править последствия булевых операций, это получается долго и муторно. Лучше просто моделить без булей. Руками - это вершина к вершине и полигончик к полигончику, естественно используя в качестве заготовок "примитивы" и "сплайновые" модели. Только не забывать конвертить их в "меш".
2. Насколько я осведомлен - булевые операции это слабое место не только Синьки, а и многих других прог (Мах в том числе).
3. Для объединения нескольких объектов в один есть команда "Коннект". Т.е. Выделяешь нужные объекты и говоришь им "Коннект". По поводу граней, "нурбсов" сложно "на пальцах" понять и тем более что-то посоветовать.
Извини за кириллические транскрипции, просто влом переключаться.