а попробуй-ка свой исходный файл в виде EPS'а поместить без линка в новый CMYK-файл. обычные объекты и паттерны у меня прошли хорошо (то, что тебе надо), а вот градиент отрастрировался и вместо процента от black стал сложным черным.
Выделяешь по отдельности каждый Gradient-Slider (те, что в палитре Gradient), и переводишь его в Grayscale в палитре Color.
Не совсем быстрая операция, но учитывая, что необходимость в ней появляется довольно нечасто...
через DeviceLinkProfile, главное только, чтобы этот DLP умел переводить Grey только в черный канал, оставляя остальные пустыми.
Ну и собственно, автомат-батч нужен, который гору файлов возьмет из одной папки, переконвертит и положит в другую. Все.