А решение оказалось довольно простым: во вкладке Motion/Trejectories (при выделенных костях, которым нужно назначить ключи) нажимаем на кнопку Collapse, предварительно установив нужные галочки на Position, Rotation, Scale (смотря кому какие нужны, мне понадобилось только Rotation), там же указываем диапазон (Start Time, End Time) и шаг, через который устанавливать ключи (Samples).
Вот и всё. Ключи назначаются на сами кости, не зависимо от контролёров ИК. После этого последние можно смело удалять.
Один минус такого решения: ключи устанавливаются равномерно через указанный шаг (Samples), а не только в тех местах, где нужно. Так что потом приходится подправлять немного руками: нужные ключи добавить, а лишние удалить.