Монтировать в АЕ большие куски в данном случае нецелесообразно.
Монтаж на уровне линейного однозначно делать в Премьере.
Некоторые куски (например сложные переходы) можно сделать в АЕ и эти маленькие просчитанные куски положить в Премьере поверх живого фастовского видео. Тогда процесс просчёта замедлится незначительно.