Если Вы еще не создали какой-то ценной геометрии сверху, то, на мой взгляд, самый простой способ исправить сие такой:
Выделяем верхний полигон. Нажимаем grow в св-вах полигона 2 раза, "заражая" выделением соседние полигоны. Удаляем. Выделяем border, закрываем Cap. Не снимая выделения переходим на полигоны, выдавливаем заново.