Пользуясь Save for Web можно подобрать компромисное решение между качеством изображения и размером выходного файла (что для Web немаловажно), в том числе выбирая выходной формат. В одних случаях сохранение в JPG даёт лучшее соотношение качество/размер, в других -- GIF. "Save As..." не даёт такой гибкости.