Создавай текстуру на новом слое, удалив предварительно Background (если делаешь ее из уже готового файла) и нужном месте просто стираешь фон. Затем сохраняешь файл в формат, поддерживающий альфа-канал (tga, png, psd и т.д.) И в нужном тебе редакторе накладываешь эту текстурку...