Не знаю поможет ли, но у меня такая проблема была когда я баловался с двумя мониторами и это окошко было на втором мониторе. Потом, когда второй монитор отключил, то вернуть окно настроек на первый монитор оказалось невозможно. Пришлось еще раз подключать второй монитор, передвигать окно настроек (ну и еще Layer manager). Можно попробовать подключить второй моник, мало ли, может у тебя такая же ситуация только в виде глюка