В ЛВ считаешь последовательность кадров в любом формате, поддерживающем альфа-канал (24бита RGB + дополн. 8бит информации о прозрачности = 32bit), например в tga32, tif, или psd.
Загружаешь в AE видео и посчитанную секвенсу.
Правой кнопкой на загруженной секвенсе - Interpret Footage - Main: там жми кнопку Guess - детектирование альфы. Там же можно повключать поля (ежели их считал). Все окей.
Делаешь новую композицию. Кидаешь туда видео, и на него секвенсу.
Для правдивости обложи секвенсу видошумами и подгони Levels (грубо говоря яркость - контрастность).
Вообще-то я не допонял, а чего-бы тебе видео бэком в ЛВ сразу не кинуть?..