Вообще-то шейк - софт для сложного композитинга в производстве спецэффектов, но...
При определенной сноровке (нарабатывается с опытом) его вполне можно использовать для "чистовой сборки" отрендеренного материала. Тем более, что под линуксом особо вариантов-то и нет.
Для данной задачи отдельно порекомендовал бы рендерить свои визуализации по слоям и собирать их вместе на композе - быстрее будет