> Может быть есть какой-нибудь хитрый способ?
Ставишь MathType (родственник фордовского редактора формул), с его помощью экспортируешь все формулы в EPS-ы, вместо них в тексте автоматически раставляются имена файлов. Переносишь текст в InD и остаётся только заменить имена файлов на сами файлы. Заскриптовать это дело — так вообще сказка будет.
Как подружить MathType-овские EPS-ы с кириллицей — см. поиском по форуму. Было несколько вариантов предложено.