Это значит, что в документе есть нечто, напрямую не поддерживаемое PostScript, и что должно быть (будет) подвергнуто Flattening-у, напримерю прозрачности. Если ты чётко знаешь, что там у тебя и как, то можно это предупреждение пригнорировать, а если тебе кажется, что ничего такого у тебя нет, а предупреждение появляется, то лучше с этим делом разобраться.