Если модель для игрушки, и сглаживаться не будет, то естественно, про четырёхугольники не только можно, но и нужно забыть. Но я так понял, здесь другой случай. Под сглаживание нужно стараться моделить именно четырехугольниками, так гораздо легче контролировать поверхность, и после сглаживания нету искажении. Любое нарушение сетки сразу же вылезает при сглаживании, а если это место при визуализации видно "на блик" или просто отражающая поверхность, то кривизна сразу бросается в глаза. С другой стороны, если сама структура поверхности такова, что нужен изгиб или другая хитрая деформация, вышеописанный эффект упрощает жизнь.
Если лезут глюки после AutoSmooth, значит сетка кривая. Причин может быть несколько. Несклеенные вершины, от них появляются дыры (если была щель в несглаженной модели) либо просто нарушения геометрии. "Висячие" полигоны, это когда одна или несколько вершин болтаются в воздухе. Просто лишние полигоны, например, како-нибудь тоненький маленький полигон, который не попал в выделение при удалении и остался. Ещё могут быть двойные полигоны. В общем, вариантов масса.
Ещё при сглаживании не надо забывать о группах сглаживания, чтоб получить острые грани пользуй фаску (chamfer) или заостряй ребра(счётчик crease в Editible mesh). В общем, если хочешь чего-то приличное сделать, то залезь в хелп и прочитай как это сделать, между прочим, он для этого и написан. Там все модификаторы замечательно расписаны.