Общепринято, вообще-то, всю работу готовить так, чтобы потом она без проблем делилась, переделилась, и прочая...
Поэтому не отдельный слой любым цветом, а отдельные объекты, покрашенные спотами. Как споты назвать вторично, хот Varnish, хоть LAK -- укажете в сопроводиловке, что такая-то краска в работе изображает собой выборочный УФ-лак. Такая-то -- форму клише.
А как по слоям все разбить -- да все равно, как Вам удобнее для работы.