Мне нужно было сразу уточнить, что опцию Write Layers в диалоговом окне экспорта я включил. При этом все векторные и текстовые слои экспортируются нормально, а растровые слои лежащие друг над другом сливаются в один.
Что из себя представляют эти слои? Судя всему, это не самостоятельные слои, а порядок наложения объектов в макете. Сделаете команду release to layers. Или руками растащите материал в явно обозначенные слои. если не поможет, пишите подробнее.