Есть такия фишка: называется PathConstrain.
Строишь путь (т.е. твоя траектория), и линкуешь свои электроны к нему.
Для того, чтобы они двигались отдельно друг от друга, просто задаешь у них смешение, т.е. если первый начинает двигаться с 0%, то второй - допустим с 5%, и т.д.