Можно правой кнопкой ткнуть на видео и в меню VIDEO - FIELD OPTIONS - поставить FLICKER REMOVAL или воспользоваться нормальным перепаковщиком видео VirtualDub - http://www.virtualdub.org/index - в нем еще можно запакаовывать в два прохода, выгода в том что файл меншьше, а качество лучше!