то что точки не лежат в одной плоскости не может являться причиной по которой кривая не екструдируется
тут в настройках екструда покопаться надо
поэксперементируй с его параметрами, он способен выдавать много отличных друг от друга результатов,
установи значок flat в настройках
должно пойти