Если кратко, то эти слои не учавствуют в просчете, если не изменена опция в Render queue window->Render Settings->Guide Layers-All Off.
Для чего они нужны тогда? Ответ для удобства работы как вспомогательные слои. Самый простой вариант: У Вас ести оцифрованное видео в низком разрешении с тайм кодом, делаем из него Guide Слой, под ним нормальное видео без тайм кода с нормальным разрешннием. Работаете нормально в АЕ и отправляете композицию на просчет не беспокоясь, что файл с таймкодом попадет в финальный файл.
2-е на Guide слое можно делать вспомогательные сетки, для разметки вашего специфического пространства экрана.
Если принцип ясен, то дальше работает фантазия.