Причину из-за которой не проходит логическая операция можешь прочесть в Script Editor'e после совершения оной.
А ликвидировать багу поможет изучение статьи в доке:
Maya4.5\docs\en_US\html\UserGuide\ModelingPoly\PolyIntro8.html
Да и Cleanup помогает, но не всегда.