Boolean просто сращивает (по выбору) объекты без изменения направления граней (почти всегда). При использовании Connect можно настроить сопряжение сращиваемых объектов т.е. сделать плавный переход.
В том и другом случае можно анимировать подобъекты, но это уже
другая сказка... Удачи!