Рендерить альфу в отдельный чревато осложнениями при композинге... Удобнее действительно посчитать последовательность TGA файлов с альфой, а затем загрузить их В ВИДЕ ОДНОГО КЛИПА в Афтер. Либо, перегнать в некомпрессованую Авишку с альфа-каналом, либо в MOV в формате "Animation-Millions+", тогда получится выигрыш в размере файла...