"не сохраняется" где?
save alpha? или в save RGB форматы держащие Alpha не сохраняют её?
если последнее - у меня аналогичная проблема... кто-то знает что нужно сделать?
Попробуйте сохранять 32-х битный формат (например, .tga или .tif). Там альфа сохранится точно. К тому же, не надо будет разбираться в двух потоках файлов, да и на монтаже удобно.