Обычно, делается так: Собирается проект в АЕ, затем рендерится (то есть просчитывается в нужный тебе формат, avi, tga и пр..), затем, все это хозяйство втаскивается в Премьер и там уже подкладывается звук или редактируется, в зависимости от того, что ты делаешь.
Незнаю, как ты, но я обычно премьер использую после того, как все собрал в АЕ или же нарезаю "колбасу" в премьере, потом втягиваю в АЕ, обрабатываю как мне надо, потом все равно рендерю (просчитываю) и уже финальный результат снова кидаю в премьер для окончательного редактирования.
Птому и странно, что ты именно ПРОЕКТ АЕ втягиваешь в Премьер. По-моему, это просто лишний геморрой.