А порезаны они на куски из-за прозрачностей, ибо в EPS'е, по крайней мере пока, не 1-bit растр прозрачным быть не может и «писатель» EPS просто обязан растрировать места прозрачностей.
А в том, что корел епсы открывает так, что в обжект манагере виден только один элемент = ЕПС файл.
А когда открывает пдф, все элементы видны и, соответственно, поддаются редактированию.