Если объект, из которого вычитаешь, не замкнут, то дыры будут. Грубо говоря на, извиняюсь за выражение, концах объекта, будь то лофт или объект вращения, нужно коллапсить вершины. Либо наложи на него модификатор Cap Holes, прежде чем что-то из него вычитать.
