вопрос вообще не про майку и не про афтер.
ты все делаешь правильно, некомпрессированный файл весит очень много.
какой кодек использовать - это зависит от сферы, в которой будет использоваться видео, если это TV, то однозначно MicrosoftDV, а если просмотр на компьютере - Xvid, DivX дают схожие результаты - кому что нравится.