1. Обучить Файнридер. "Ять" или другая буква распознается как "$" или как знак абзаца или как хочешь, но чтоб такой знак в книге больше не встречался. Потом элементарно - поиск-замена на настоящую "ять". Пробовал, идеально выходит.
2. Есть много способов и смотря в каких программах. Лучше всего использовать шрифты OTF и программу InDesign. В шрифте Казука есть "ять", если не путаю. Плохо, что она (ять) выбивается из верстки, сложно подобрать к ней похожий шрифт: я пробовал Литературную. пробовал Бодони, пробовал еще что-то... Не верстать же Казукой... А ударения есть в шрифте OTF - готовенькие.
3. Есть такая тема - Паратайповский шрифт старославянский. Поищи у них на сайте. Там ужо все буковки готовые есть. Шрифт придется купить.