Я довольно часто (в большинстве случаев это возможно) делаю так.
Всю секвенцию - в Elastic Reality двумя слоями. В первом вокруг каждого маркера строишь эллипс. Потом в каждом 5-м (или 10-м, 20-м) frame редактируешь path. Копируешь во второй слой. Делаешь joint. Во втором слое каждый эллипс сжимаешь до точки, размером меньше пикселя. Потом редактируешь shapes по времени и геометрии, запускаешь рендеринг и тебе Elastic Reality АВТОМАТОМ сжимает ВСЕ маркеры. Остается один background. Ну, далее - keyng в любом композере.
PS Ты должен знать Elastic Reality. В частности, как ставить "барьеры", чтобы ВСЕ изображение не съеживалось.