Нет, на вынос я, конечно, все слои сливаю и LZW не использую, чтобы неизвестных мне людей не озадачивать зазря.
Но когда делаю всё сам, до самых плёнок, то делаю иногда TIFF-ы со слоями, иногда PSD-шники --- и InD2, и AI10 их ностаточно ровно принимают.
А хранится информация о слоях там же, я полагаю, где в EPS-ах AI-шная или FH-ндовская информация. И никому она не мешает, вроде бы.