В InDesign 2 это не регулируется. В InDesign CS работает нормально.
Edit > Preferences > Guides & Pasterboard > Pasteboard Options > Minimum Vertical Offset...
Если это проделать при пустом экране (без открытых документов), то размер останется "по умолчанию".
я так и делаю, но для одного конкретного фаила это не работает, он увеличивает размер пастебоард, но уменшить не может, может это происходит от того что орогинал был QuarkXpress-ом