Делаешь 1 объект допустим куб и 2 объект допустим цилиндр.
нам нужна дыра в форме цилиндра в кубе. Двигаем цилиндр в куб так что бы он торчал с 2 сторон когда цилиндер выделен идем делаем Boolean -> pick operand B и кликаем на куб если исчез куб значит делаем ctrl+Z опускаемся в мену по ниже и выделаем Substraction (b-a) или делаем тот же процесс но с выделенным кубом.