если вертекс колором покрашено, то не знаю как там в Obj, по идее должен сохраняться в аттрибутах вертексов. FBX точно.
Но без развертки и текстуры будет зависеть уже куда объект импортится.
В мармосете есть поддержка вертекс колора
В Блендере тоже в принципе есть узел колор аттрибут и через него можно.