Ты, случаем, не 32-бита цвет используешь?...
А то у меня такое было (не совсем как у тебя, но похоже - как работаешь в одном из окон, неважно window или fullscreen - всё нормально, а как только переходишь в другое окно - секунды на две-три замирает... Перешёл на 16-бит цвет и всё как рукой сняло.
P.S. Разрешение у меня 1600х1200, в более низких не пробовал. В 1920х1440 тоже самое наблюдалось...